術後は、炎症や麻酔の影響などで、患部が一時的に腫れることが考えられます。手術前後の体調や手術法などの影響を受けるため、「いつまでに治る」とは明言はできませんが、概ね1週間程度で自然とひいていくでしょう。自毛植毛が手術である以上、術後の腫れは治る過程での生態反応のひとつ。心配するものではありません。
なお、近年主流のFUE法は、患者さんのカラダへの負担や痛み、腫れの軽減を最小限に抑えることを目的に開発された技術であるだけに、術後の腫れや痛みが少ないのが特徴です。一方FUT法では、切除・縫合した部分の違和感や若干の腫れは気になるかもしれません。

現在主流となっているFUE法とFUT法による自毛植毛では、後遺症と呼ばれるものはありません。 ただし、今から20年程前まで主流となっていたフラップ法では、少々事情が異なります。フラップ法とは、後頭部などの頭皮の3辺を切り離し、残りの1辺を回転させて薄毛の部分に移動させるという手術法ですが、この場合、頭皮が不自然に引っ張られるため、違和感が起こり、さらには慢性的な頭痛に悩まされるケースも考えられます。
また、植毛した毛根の向きを調整できないため、生え際が不自然になるなど、さまざまなデメリットがあります。手術法が発展した現在では“まったくおすすめできない手術法”といえるでしょう。