自毛植毛手術の際は、麻酔を使うので、痛みはないのだと思いますが、手術した後、痛みはあるのでしょうか？また、どれくらいの期間痛みが残るのでしょうか？

人によって状況は様々ですが、実績から言えば、２，３日後には、普通にしていれば、気にならない状態になります。

ご質問者がおっしゃるように手術の際は、麻酔を打ちますので、痛みを感じることはほとんどありません。ただ、お話しを聞くと手術前の局所麻酔で痛みを感じたということはあるようです。痛みには個人差がありますが、概ね普通に注射を打つ際の痛みの範囲内と言えます。

また、ご質問にあった手術後の痛みもやはり、個人差があります。
通常、２、３日後には、普通にしていれば、気にならない状態になります。ただ、手術した場所を強く押したり、強い刺激を与えたりすれば、痛みは感じます。移植手術をしたわけですから、何もしていない場所と同じではありません。念のため痛み止めも処方しますし、以前行われていたメスを使う手術と比べると今行われているメスを使わない手術は、移植のための傷口も小さくなるため、比例して痛みも小さくなって、身体への負担を軽減させています。