自毛植毛が手術である以上、まったく痛みがないとはいえません。とはいえ、手術前には麻酔処置を行うので、術中に痛みを感じることはないでしょう。それでも不安を持たれるという方には、術前にリラックス効果のある薬の服用をお勧めするケースもあります。また、看護師により術中も声掛けを行っておりますので、安心して手術に臨んでいただけます。
手術の種類や個人の感じ方に違いがあるため一概にはいえませんが、ほとんどの場合、術前の麻酔注射が痛みを感じる唯一の場面といえるでしょう。
なお、稀に頭部に麻酔を打つことに不安を感じるという方もいらっしゃいますが、麻酔はあくまで頭皮表層にかけるものなので心配は無用です。

自毛植毛の手術は、大きくFUT（Follicular Unit Transplantation）法とFUE（Follicular Unit Extraction）法にわけられます。その違いは、移植用の株（毛根組織）の摘出方法にあり、メスを使って頭皮ごと切除採取するFUT法に対し、FUE法では極細のパンチを用いて採取を行います。
FUE法は比較的新しい手術法です。ひと株につき、パンチの直径となる0.63㎜の傷痕しか残らないため、術後はほとんど痛みを感じないはずです。FUT法では、10㎜～200㎜ほどの皮膚を剥がすため、縫合も必要になり、術後数日は傷痕に痛みが残るでしょう。
どちらの手術方法もメリット、デメリットがありますが、“痛み”に関していえば、圧倒的にFUE法がおすすめです。